Od 1. 1. 2017 dochází ke změně ve znění popisu XML struktury EPO formuláře kontrolního hlášení, a to z důvodu zpřísnění kontroly kontrolních hlášení podaných z datových schránek, která jsou zároveň tzv. rychlou odpovědí na výzvu.
 
V případech použití volby „Rychlá odpověď na výzvu“, kterou plátce oznamuje, že nemá povinnost podat kontrolní hlášení, nebo potvrzuje správnost naposledy podaného kontrolního hlášení (nemění tedy žádná data), nesmějí být vyplněny řádky v oddílech A, B i C.
 
Vyplnění těchto oddílů je v případech rychlé odpovědi na výzvu zatím propustnou chybou. Od začátku roku 2017 se však kontrola zvyšuje na úroveň kritická. Tato podání budou označena za neúčinná.

Kontrolní hlášení nenahrazuje daňové přiznání

Kontrolní hlášení nenahrazuje daňové přiznání, jedná se o institut zcela odlišný. Ačkoliv je kontrolní hlášení díky použitému označení slovem „hlášení“ řádným daňovým tvrzením podle daňového řádu, nejde o tvrzení daně jako takové. Nicméně správce daně může získané údaje využít při správě daní a případně i při stanovení výše daně.
 
Kontrolní hlášení vychází z evidence pro účely daně z přidané hodnoty. Vzhledem k tomu, že údaje uváděné v kontrolním hlášení odpovídají údajům vykazovaným ve výpisu z evidence pro účely daně z přidané hodnoty ve vztahu k režimu přenesení daňové povinnosti, byla povinnost podání tohoto výpisu zrušena společně se zavedením kontrolního hlášení (tj. od 1. 1. 2016).