E-fakturace – co se chystá v EU

Jde o fakturu (soubor) ve strukturovaném elektronickém formátu, kterou mohou účetní a daňové systémy automaticky načíst, zpracovat a použít pro digitální vykazování DPH.

Nejde přitom již pouze o legislativní záměr. Balíček opatření označovaný jako ViDA – VAT in the Digital Age, tedy DPH v digitálním věku – byl definitivně přijat 11. března 2025 a vstoupil v platnost 14. dubna 2025. Pro běžné podniky bude v oblasti fakturace nejdůležitější datum 1. července 2030, kdy se nový režim začne povinně používat u vybraných přeshraničních obchodů mezi podnikateli v rámci Evropské unie.

Legislativní vývoj

Balíček ViDA tvoří tři evropské právní předpisy: směrnice Rady (EU) 2025/516, která mění směrnici o společném systému DPH, nařízení Rady (EU) 2025/517 upravující spolupráci daňových správ a prováděcí nařízení Rady (EU) 2025/518. Předpisy byly zveřejněny v Úředním věstníku Evropské unie dne 25. března 2025.

Reforma má tři základní části. První se týká digitálního vykazování a elektronické fakturace, druhá mění pravidla pro některé digitální platformy a třetí rozšiřuje možnosti jednotné registrace k DPH. Pro české účetní a podnikatele bude z pohledu fakturace nejvýznamnější první část, označovaná jako digitální reporting v reálném čase (Digital Reporting Requirements – DRR).

Cílem je nejen nahradit papírové a PDF faktury strukturovaným elektronickým formátem. Taková faktura se má stát současně zdrojem dat pro daňovou správu a tím dle odhadů zamezit daňovým unikům na DPH v rámci EU až o 11 miliard eur ročně.

Co bude podle EU elektronickou fakturou

Nová evropská definice elektronické faktury je poměrně přísná. Musí jít o fakturu vystavenou, předanou a přijatou ve strukturovaném elektronickém formátu, který umožňuje její automatické elektronické zpracování.

Obyčejný soubor PDF proto sám o sobě nebude pro nový režim dostačující. PDF je sice elektronický dokument, jeho obsah však zpravidla není uspořádán tak, aby jej jiný informační systém mohl bez dalšího spolehlivě načíst. Za elektronickou fakturu naopak může být považován i hybridní dokument, který vedle čitelné podoby obsahuje strukturovanou datovou část, pokud jsou v ní zahrnuty všechny povinně vykazované údaje.

Nový evropský režim od 1. července 2030

Od 1. července 2030 se povinná elektronická fakturace a digitální vykazování uplatní zejména na přeshraniční B2B transakce uvnitř Evropské unie. Půjde typicky o dodání zboží podnikateli do jiného členského státu a o služby, u nichž je místo plnění v jiném členském státě a daň přiznává příjemce.

Elektronická faktura bude muset být u těchto plnění vystavena zpravidla do deseti dnů od uskutečnění zdanitelného plnění. Vybrané údaje budou následně digitálně oznámeny daňové správě. Národní daňové správy je budou sdílet prostřednictvím nového centrálního systému VIES, který má umožňovat automatické porovnávání údajů vykázaných dodavatelem a odběratelem. Do evropského systému budou předávány především strukturované údaje shromážděné národními daňovými správami. Tento systém nahradí dosavadní souhrnné hlášení. Více informací najdete ve SMĚRNICI RADY (EU) 2025/516.

Tabulka 1 – Přeshraniční B2B fakturace dnes a od 1. července 2030

Přechod od souhrnných údajů k jednotlivým transakcím je podstatnou změnou. Chyba v DIČ obchodního partnera, datu plnění, částce nebo daňovém režimu tak již nebude odhalena až při následné kontrole, nesoulad může být identifikován krátce po odeslání údajů.

Co bude s tuzemskými fakturami

Důležité je nezaměňovat přeshraniční a čistě tuzemské obchody. ViDA sama o sobě nestanoví, že od 1. července 2030 musí být elektronicky vystavována každá faktura mezi dvěma českými podnikateli.

Členské státy mohou povinnou elektronickou fakturaci pro tuzemská plnění zavést vlastním rozhodnutím. Tuto možnost mají za podmínek stanovených ViDA již od 14. dubna 2025. V ČR zatím žádná legislativa k e-fakturaci v rámci tuzemských plnění není. Předpokládá se však, že i u nás zavedena bude. Je jen otázkou kdy.

Pro české podniky z toho vyplývá, že povinnost u přeshraničních plnění je již stanovena evropskou legislativou, zatímco případná plošná e-fakturace u tuzemských B2B obchodů bude záviset na budoucí české právní úpravě.

Připravuje se také změna fakturace vůči veřejné správě

Vedle ViDA probíhá samostatná revize směrnice 2014/55/EU o elektronické fakturaci při zadávání veřejných zakázek. Dosavadní směrnice vytvořila evropský standard a uložila veřejným zadavatelům povinnost přijímat a zpracovávat faktury, které tomuto standardu odpovídají.

Evropská komise zahájila v březnu 2026 veřejnou konzultaci k revizi této směrnice. Zabývá se především lepší harmonizací, technickou interoperabilitou a omezením rozdílů mezi jednotlivými členskými státy. K srpnu 2026 však jde stále o připravovanou změnu, nikoli o definitivně přijatou novou povinnost. Více informací najdete na webu Evropské komise.

Praktické dopady do podnikové praxe

Příprava na e-fakturaci by neměla být vnímána pouze jako budoucí aktualizace účetního programu. Ve skutečnosti půjde o změnu celého procesu od vzniku obchodního případu přes vystavení a opravu faktury až po její zaúčtování a archivaci.

Pro podniky může mít kvalitně zavedená e-fakturace i praktické výhody: omezení ručního přepisování údajů, méně chyb, rychlejší schvalování faktur a lepší propojení účetnictví, plateb a daňového vykazování. Na druhé straně bude zavedení vyžadovat úpravy účetních programů, kontrolních postupů a kmenových dat obchodních partnerů.

Rok 2030 může na první pohled působit vzdáleně. U firem s rozsáhlejšími informačními systémy, zahraničními zákazníky nebo složitějším schvalováním faktur však může být několik let překvapivě krátká doba. Bude tak potřeba se včas věnovat přípravě na tuto změnu.

Článek byl připraven ve spolupráci s daňovým poradcem Ing. Radkem Bílým, evidenční číslo 00098.