Mohou určité částky v daňovém přiznání zapříčinit kontrolu?

Jsou příliš vysoké částky na některých řádcích přiznání podnětem pro automatickou kontrolu ze strany správce daně? V článku se dozvíte více.

Vysoká částka na řádku daňového přiznání sama o sobě není důvodem pro zahájení daňové kontroly ze strany správce daně. Tento fakt potvrdil také rozsudek Nejvyššího správního soudu v rozhodnutí sp. zn. 4 Afs 181/2025, které se týkalo zahájení postupu k odstranění pochybností u nově registrovaného plátce DPH.

Popis situace

Nově vzniklá společnost, registrovaná k DPH, podala v září 2024 své první daňové přiznání. V tomto přiznání vykázala nadměrný odpočet v přibližné výši 724 000 Kč. Důvod vysokého odpočtu byl poměrně logický, jelikož společnost pořídila nemovitost za více než 4 miliony Kč s úmyslem ji dále pronajímat v rámci své ekonomické činnosti, takže uplatněný nadměrný odpočet odpovídal výši této investice.

Správce daně na základě nadměrného odpočtu následně zahájil postup k odstranění pochybností podle § 89 daňového řádu s odůvodněním, že hodnota přijatých zdanitelných plnění převyšuje hodnotu uskutečněných plnění.

Daňový subjekt se proti tomuto postupu bránil žalobou na ochranu před nezákonným zásahem. Krajský soud tuto žalobu zamítl a celá věc se následně dostala k Nejvyššímu správnímu soudu.

Nezapomeňte si přečíst: Komunikace s finančním úřadem

Rozhodnutí NSS

Nejvyšší správní soud následně zrušil rozsudek krajského soudu. Rozhodl, že správce daně nemůže zahájit daňovou kontrolu jen z toho důvodu, že plátce uplatnil vysoký nadměrný odpočet. Samotná výše nadměrného odpočtu podle Nejvyššího správního soudu nepředstavuje řádně odůvodněnou pochybnost. NSS zároveň připomněl svou předchozí judikaturu, podle které musí mít správce daně k zahájení kontroly konkrétní pochybnosti odůvodněné o zjištěné skutečnosti. Nestačí pouze obecná úvaha, že nadměrný odpočet je vysoký, a proto je třeba daňový subjekt automaticky prověřit.

Existuje ale výjimka. V situaci, kdy se vykázaná daň výrazně odchyluje od obvyklých hodnot daného subjektu, nebo pokud výše nadměrného odpočtu je neočekávaná a bez logické příčiny, může správce daně zahájit daňovou kontrolu. Tato výjimka ale neznamená automatismus pro zahájení daňové kontroly ze strany správce daně, pokud má společnost na základě daňového přiznání nárok na nadměrný odpočet.

Nejvyšší správní soud v tomto konkrétním případě zohlednil, že se jedná o nově vzniklou společnost a její první zdaňovací období. Společnost navíc již při své registraci k DPH doložila správci daně kupní smlouvu na příslušnou nemovitost a informovala, že bude tuto nemovitost následně pronajímat. Správce daně tedy měl k dispozici vysvětlení vzniku nadměrného odpočtu ještě před podáním daňového přiznání.

Za této situace NSS rozhodl, že zahájení postupu k odstranění pochybností pouze na základě nadměrného odpočtu není dostatečné. Podle § 89 daňového řádu musí správce daně upřesnit své pochybnosti a zároveň je formulovat tak, aby se k nim daňový subjekt mohl smysluplně vyjádřit.

Praktický dopad rozsudku

Samotný fakt, že správce daně nemá s novým subjektem jakoukoliv předchozí zkušenost, nezbavuje správce daně povinnosti dostatečně odůvodnit své pochybnosti, na jejichž základě byla zahájena daňová kontrola. Pokud je výše nadměrného odpočtu předvídatelná a vhodně doložená, je třeba tuto skutečnost zohlednit. Správce daně nemůže automaticky zahajovat postup k odstranění pochybností jen proto, že je částka příliš vysoká.

Soud zároveň uvedl, že tímto rozhodnutím není vyloučeno, že dojde k zahájení postupu k odstranění pochybností u nově vzniklých subjektů, které uplatňují výrazné odpočty. Podmínkou ale je, že existují konkrétní pochybnosti, a nejen obecné podezření, které je odvozené od výše nadměrného odpočtu. Samotný vysoký nadměrný odpočet tedy nemůže automaticky vést k výzvě k odstranění pochybností, pokud správce daně jasně nespecifikuje konkrétní pochybnost.