Předmětem daňové kontroly jsou:

• daňové povinnosti,
• tvrzení daňového subjektu,
• jiné okolnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně.

Daňový subjekt má většinou povinnost sám si daň vypočítat a přiznat, ale na druhou stranu má pak také povinnost prokázat všechny skutečnosti, které je povinen uvádět v řádném daňovém tvrzení, dodatečném daňovém tvrzení a dalších podáních.
 
Období, které může správce daně kontrolovat, závisí na omezení, které plyne z lhůty pro stanovení daně. Daň nelze stanovit po uplynutí lhůty pro stanovení daně, která činí 3 roky. Lhůta pro stanovení daně začne běžet dnem, v němž uplynula lhůta pro podání řádného daňového tvrzení, nebo v němž se stala daň splatnou, aniž by zde byla současně povinnost podat řádné daňové tvrzení.
 
Tato tříletá lhůta může být prodloužena (např. podáním dodatečného daňového tvrzení nebo oznámením výzvy správce daně k podání dodatečného daňového tvrzení, pokud by tím došlo k doměření daně). Tato lhůta však nesmí být v souhrnu od začátku jejího běhu delší než 10 let.
 
Daňová kontrola se provádí u daňového subjektu nebo na místě, kde je to vzhledem k účelu kontroly nejvhodnější (např. v kanceláři daňového poradce, kde jsou k dispozici veškeré doklady).
 
Častým prohřeškem správce daně bývá snaha provádět kontrolu u správce daně, kde to např. vzhledem k velkému množství dokladů, které by tam daňový subjekt musel dopravovat, bylo neefektivní.
 
Předmět kontroly se prověřuje jen ve vymezeném rozsahu, ale ten je možné v jejím průběhu rozšířit (nebo zúžit), a to stejným postupem pro její zahájení. Správce daně často přijde na kontrolu např. DPH za 6/2015, ale v průběhu této kontroly požaduje doklady i z jiných období. Takto automaticky, jak si často správce daně myslí, na to však právo nemá.
 
Kontrolu lze provádět společně pro více daňových řízení týkajících se jednoho daňového subjektu. Kontrola může být zahájena i pro další daňová řízení rozšířením původní kontroly. Běžně se tak stává, že např. s kontrolou daně z příjmů právnických osob za příslušné zdaňovací období je prováděna též kontrola daně silniční.
 
Daňovou kontrolu, která se týká skutečností, které již byly v souladu s vymezeným rozsahem kontrolovány, je možné opakovat pouze ve specifických případech (objeví se nové skutečnosti, daňový subjekt změní svá dosavadní tvrzení atp.).
 
Pokud tedy proběhne kontrola např. DPH za určité zdaňovací období (a daňový subjekt např. nepodá dodatečné daňové přiznání za toto období a správce daně se nedozví o skutečnostech, o kterých nemohl vědět dříve), můžeme být „v klidu“ a správce daně „na nás nemůže“.

Práva a povinnosti

Daňový subjekt je povinen umožnit správci daně zahájení a provedení daňové kontroly, ale má přitom taky svá práva, a to:

• být přítomen jednání se svými zaměstnanci nebo dalšími osobami, které vykonávají jeho činnosti,
• předkládat v průběhu daňové kontroly důkazní prostředky nebo navrhovat provedení důkazních prostředků, které on sám nemá k dispozici,
• vyvracet pochybnosti vyjádřené správcem daně.

Nesmíme však podceňovat ani práva daňového subjektu vyplývající ze základních zásad správy daní:

• správce daně postupuje v souladu se zákony,
• správce daně uplatňuje svou pravomoc pouze k těm účelům, k nimž mu byla zákonem svěřena, a v rozsahu, v jakém mu byla svěřena,
• správce daně šetří práva a právem chráněné zájmy daňových subjektů v souladu s právními předpisy a používá při vyžadování plnění jejich povinností jen takové prostředky, které je nejméně zatěžují a ještě umožňují dosáhnout cíle správy daní,
• osoby zúčastněné na správě daní mají rovná procesní práva a povinnosti,
• správce daně umožní osobám zúčastněným na správě daní uplatňovat jejich práva a poskytne jim přiměřené poučení o jejich právech a povinnostech,
• správce daně vychází osobám zúčastněným na správě daní vstříc,
• správce daně postupuje bez zbytečných průtahů,
• správce daně postupuje tak, aby nikomu nevznikaly zbytečné náklady,
• správa daní je neveřejná – správce daně je vázán mlčenlivostí,
• správce daně posuzuje každý důkaz jednotlivě a všechny důkazy v jejich vzájemné souvislosti – přitom přihlíží ke všemu, co při správě daní vyšlo najevo.

To, že správce daně přihlíží ke všemu, co vyšlo v průběhu řízení najevo, můžeme využít například v průběhu kontroly, kdy zjistíme, že jsme např. nezaúčtovali přijatou (nákladovou) fakturu. Existenci takovéto faktury doložíme v průběhu daňové kontroly správci daně s tím, že chceme o tuto zapomenutou fakturu základ daně snížit a správce daně k této skutečnosti musí přihlédnout.
 
Vždy, když máme se správcem daně problém, kdy řízení trvá příliš dlouho, kdy nás správce daně zaměstnává neustále nejrůznějšími „nesmyslnými“, časově náročnými úkoly a sám na naše výzvy nereaguje, vyplatí se pročíst si znovu tyto zásady správy daní (§ 5 až § 9 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád) a uplatnit je např. v rámci stížnosti na postup správce daně.
 
Kromě svých práv má daňový subjekt i určité povinnosti:

• daňový subjekt a další přítomné osoby jsou povinny poskytnout úřední osobě všechny přiměřené prostředky a potřebnou součinnost k účinnému provedení daňové kontroly,
• osoby, u nichž je daňová kontrola prováděna, jsou povinny zapůjčit správci daně jím vyžádané doklady a další věci nezbytné pro správu daní i mimo své prostory,
• správce daně si může od osoby, u níž je daňová kontrola prováděna, vyžádat nebo odebrat pro účely bližšího posouzení nebo expertizy vzorky věcí – tyto získané vzorky se vrací po expertize či posouzení, připouští-li to jejich povaha (zapůjčení dokladů a jiných věcí nebo odebrání vzorků potvrdí správce daně při jejich převzetí nebo odebrání, převzaté doklady a další věci nebo odebrané vzorky vrátí správce daně osobě, od které je převzal, nejpozději do 30 dnů od jejich převzetí nebo odebrání – tuto lhůtu lze v odůvodněných případech i opakovaně prodlužovat),
• zajistit vhodné místo a podmínky k provádění daňové kontroly,
• poskytnout nezbytné informace o vlastní organizační struktuře, o pracovní náplni jednotlivých útvarů, o oprávněních jednotlivých zaměstnanců nebo jiných osob zajištujících jeho činnost a o uložení účetních záznamů a jiných informací,
• umožnit jednání s kterýmkoliv svým zaměstnancem nebo jinou osobou, která vykonává jeho činnosti,
• nezatajovat důkazní prostředky, které má k dispozici, nebo o nichž je mu známo, kde se nacházejí.

Mimo to, že má daňový subjekt vůči správci daně určité povinnosti, sám správce daně má další pravomoci, kterých může využívat:

• správce daně může přizvat osobu, jejíž přítomnost je podle povahy věci potřeba (např. odborníka na výpočetní techniku, znalce atp.),
• správce daně může pořizovat obrazový nebo zvukový záznam o skutečnostech dokumentujících průběh úkonu, o čemž předem uvědomí osoby, které se tohoto úkonu účastní,
• úřední osoba má v době přiměřené předmětu daňové kontroly (zejména v době provozu) právo na přístup na pozemky, do každé provozní budovy, místnosti a místa, včetně dopravních prostředků a přepravních obalů (např. přepravních kontejnerů), k účetním záznamům nebo jiným informacím, a to i na technických nosičích dat, v rozsahu nezbytně nutném pro dosažení cíle správy daní. Toto právo má též, jde-li o obydlí, které daňový subjekt užívá současně pro podnikání – je-li to nezbytné a nelze-li rozhodné skutečnosti zjistit jiným způsobem,
• správce daně může provést nebo si vyžádat z účetních záznamů nebo jiných informací výpis nebo kopii, a to i na technických nosičích dat,
• v rozsahu nezbytném k prověření údajů na technických nosičích dat má správce daně právo na informace o používaných programech výpočetní techniky a může využívat programové vybavení, ve kterém byly informace pořízeny,
• správce daně může zajistit věci, které mohou sloužit jako důkazní prostředek, je-li důvodná obava, že by později nebylo možné příslušný důkazní prostředek provést vůbec nebo jen s velkými obtížemi.

Při zajištění věci může správce daně danou věc podle její povahy:

• převzít a přemístit na vhodné místo,
• vyznačit na věci zajištění a věc ponechat na místě bez zamezení přístupu k věci, nebo
• vyznačit na věci zajištění a po převzetí všech prostředků, které umožňují přístup k této věci, zajistit prostory, kde se tyto věci nalézají, úřední uzávěrou.

Zahájení a ukončení daňové kontroly

Daňová kontrola je zahájena prvním úkonem správce daně vůči daňovému subjektu, při kterém je vymezen předmět a rozsah daňové kontroly a při kterém správce daně začne zjišťovat daňové povinnosti nebo prověřovat tvrzení daňového subjektu nebo jiné okolnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně.
 
K zahájení kontroly tedy nestačí pouze sepsání protokolu u správce daně, kde se píše, že daňová kontrola byla zahájena (jak tomu ještě občas bývá), ale aby byla daňová kontrola skutečně zahájena, měl by správce daně zároveň začít s reálným zjišťováním a prověřováním tvrzených skutečností.
 
Dojde-li v průběhu daňové kontroly ke změně místní příslušnosti, může daňovou kontrolu dokončit správce daně, který ji zahájil.
 
V případě, že by daňový subjekt správci daně daňovou kontrolu zahájit neumožnil (nejčastěji na základě neformální výzvy správce daně), může být k tomu správcem daně vyzván. Ve výzvě správce daně stanoví:

• místo zahájení daňové kontroly (což bývá většinou naprosto nelogicky u správce daně a nikoliv u daňového subjektu, kde jsou doklady),
• předmět daňové kontroly (např. DPH 6/2015),
• lhůtu, jejíž běh počíná dnem doručení výzvy, ve které je daňový subjekt povinen správci daně sdělit den a hodinu v rámci úředních hodin správce daně, kdy je připraven k zahájení daňové kontroly – tuto lhůtu nelze prodloužit. Den, který je daňový subjekt povinen sdělit, musí nastat nejpozději 15. den ode dne uplynutí lhůty uvedené ve výzvě a musí být sdělen správci daně nejméně 3 pracovní dny před navrhovaným termínem zahájení daňové kontroly.

Tato podivně složitá konstrukce v praxi stejně moc nefunguje. Pokud správci daně oznámíte termín přesně tři pracovní dny předem, můžete se „spolehnout“ na to, že nestihne na zahájení kontroly vůbec přijít.
 
Nevyhoví-li daňový subjekt výzvě ve stanovené lhůtě, aniž by sdělil správci daně závažné důvody, pro které nemůže výzvě vyhovět, nebo neumožní-li ve sděleném termínu zahájit a následně provést daňovou kontrolu, může správce daně stanovit daň např. podle pomůcek.
 
O zahájení, průběhu a ukončení daňové kontroly sepíše správce daně zprávu o daňové kontrole, která obsahuje výsledek kontrolního zjištění, včetně hodnocení důkazů zjištěných v průběhu daňové kontroly, a odkaz na protokoly nebo úřední záznamy.
 
Správce daně seznámí daňový subjekt s výsledkem kontrolního zjištění, včetně hodnocení dosud zjištěných důkazů, a předloží mu jej k vyjádření.
 
V této fázi daňové kontroly dochází ze strany správce daně často ke snaze spojit seznámení daňového subjektu s výsledkem kontroly s okamžitým podepsáním zprávy o daňové kontrole. Daňový subjekt často nepoučen, zmaten a vystresován vše podepíše (často i proto, aby měl konečně po několikaměsíční kontrole klid). Daňový subjekt však má právo na kopii zprávy a tu si může v klidu (např. doma) přečíst. Má právo se v přiměřené lhůtě k výsledku vyjádřit, navrhnout jeho doplnění atp.
 
Až daňový subjekt vyčerpá všechny argumenty a je s výsledkem „spokojen“ pak by měl teprve přistoupit k projednání (a podepsání) zprávy o daňové kontrole (a v této fázi již nic „doplňovat“ fakticky nemůže – tímto krokem daňová kontrola končí).
 
Na druhou stranu odmítne-li se kontrolovaný daňový subjekt seznámit se zprávou o daňové kontrole nebo ji projednat anebo se jejímu projednání vyhýbá, doručí mu ji správce daně do vlastních rukou – den doručení zprávy o daňové kontrole se pokládá za den jejího projednání a ukončení daňové kontroly.
 
Odepření podpisu zprávy o daňové kontrole kontrolovaným daňovým subjektem bez dostatečného důvodu nemá vliv na použitelnost zprávy o daňové kontrole jako důkazního prostředku. O tomto musí být ve zprávě kontrolovaný daňový subjekt prokazatelně poučen. Okamžikem bezdůvodného odepření podpisu nastávají též účinky projednání, oznámení zprávy o daňové kontrole a ukončení kontroly.