Ze směrnice Rady EU o společném systému daně z přidané hodnoty vyplývají zásadní změny v pravidlech pro vystavování a uchovávání daňových dokladů, a to od okamžiku vystavení, až do konce lhůty pro jejich uchovávání. Bez ohledu na to, zda se jedná o daňový doklad v elektronické či listinné podobě.
 
Od roku 2013 novela zákona o DPH v § 26 zrovnoprávňuje daňové doklady v elektronické podobě s listinnými. Stále však bude možné vystavovat, zasílat a ukládat doklady jako elektronické, pokud jsou opatřeny zaručeným elektronickým podpisem, elektronickou značkou, popřípadě pokud je zaručena věrohodnost původu a neporušitelnost obsahu daňového dokladu.
 
Osoba, pro kterou se plnění uskutečňuje, musí s použitím daňového dokladu v elektronické podobě souhlasit. Dochází k rozšíření povinnosti souhlasu. Před novelou se souhlas osoby, pro kterou se uskutečňovalo zdanitelné plnění, nebo plnění osvobozené od daně s nárokem na odpočet daně, vyžadoval pouze při vystavení daňového dokladu v elektronické podobě.
 
Jde tedy o změnu v pojmech, která však má podstatný dopad na veškeré další použití elektronického daňového dokladu.
 
I nadále však zůstává zachována odpovědnost osoby, která plnění uskutečňuje, za správnost údajů na daňovém dokladu i za dodržení lhůty pro jeho vystavení, což je 15 dnů ode dne, kdy vznikla povinnost přiznat daň nebo uskutečnit plnění.
 
U daňového dokladu musí být od okamžiku jeho vystavení do konce lhůty stanovené pro jeho uchovávání zajištěna (dle § 34 ZDPH):

• věrohodnost jeho původu – zaručená totožnost osoby, která plnění uskutečňuje nebo která daňový doklad oprávněně vystavila,

• neporušitelnost jeho obsahu – daňový doklad nebyl obsahově změněn,

• jeho čitelnost, bez ohledu na jeho podobu – možnost seznámit se s obsahem daňového dokladu přímo nebo prostřednictvím technického zařízení.

Umožňuje se tedy širší využití elektronických systémů pro vystavování, předávání a uchovávání daňových dokladů. To by mělo přispět ke snížení nadměrné administrativní zátěže jak u podnikatelské sféry, tak i u správce daně.
 
Všechny členské státy EU nově umožňují vystavování zjednodušených daňových dokladů pro fakturované částky do 100 EUR včetně. Český zákon o dani z přidané hodnoty stanovuje limit 10.000 Kč. Zjednodušený daňový doklad je možné využít i pro bezhotovostní úhrady.

Doplňování údajů na daňovém dokladu

Již není povinné doplňování údajů přímo na daňovém dokladu při poskytnutí služby osobou registrovanou k dani v jiném členském státě, resp. zahraniční osobou při pořízení zboží z jiného členského státu podle dosavadního § 35 ZDPH, nebo v režimu přenesení daňové povinnosti podle § 92a ZDPH.
 
V odůvodněných případech není potřeba uvádět DIČ na daňovém dokladu. Datem vystavení již není okamžik doplnění údajů, ale datum vystavení uvedené vystavitelem na daňovém dokladu.
 
Nově je také možné požádat správce daně o vydání závazného posouzení, zda dodávka zboží podléhá či nepodléhá režimu lokálního reverse charge podle ustanovení § 92c zákona o DPH (šrot a odpad).

Uchovávání daňových dokladů

Doba uchovávání daňových dokladů zůstává zachována. Jedná se o lhůtu 10 let od konce zdaňovacího období, ve kterém se plnění uskutečnilo. Pokud nemá uchovatel sídlo nebo provozovnu v tuzemsku, měl by být zachován nepřetržitý dálkový přístup k daňovým dokladům. Měl by také předem oznámit správci daně místo uchovávání daňových dokladů. Na žádost správce daně musí uchovatel zajistit český překlad daňového dokladu vystaveného v cizím jazyce.
 
Souhrnný přehled změn a novinek týkajících se daňových dokladů:

• Zákon již nehovoří o běžném daňovém dokladu.

• Na daňové doklady z jiných členských států či ze třetích zemí již nemají být doplňovány žádné údaje. Ty mají být uvedeny v evidenci pro daňové účely.

• Pokud je příjemce plnění zmocněn k vystavení daňového dokladu, je na něm uvedeno „vystaveno zákazníkem“.

• Pokud je příjemce plnění povinen přiznat daň, je na daňovém dokladu uvedeno „daň odvede zákazník“.

• Daňový doklad nemusí obsahovat DIČ příjemce, pokud příjemci nebylo přiděleno. Dále nemusí uvádět rozsah plnění, popřípadě další údaje týkající se rozsahu plnění, pokud jde o daňový doklad na přijatou platbu. U plnění s přenosem povinnosti přiznat daň na příjemce, nebo u osvobozených plnění není potřeba uvádět sazbu daně a výši daně.

• Zjednodušený daňový doklad na plnění do 10 000 Kč lze vystavit při jakékoliv formě úhrady, nejenom při platbě v hotovosti.

• Zjednodušený daňový doklad lze nově vystavit na zboží podléhající spotřební dani z lihu.

• Vystavování daňových dokladů se řídí podle pravidel členského státu, ve kterém je místo plnění (§ 27 ZDPH).

• Co se považuje za daňový doklad při dovozu zboží, stanoví § 33 ZDPH, a co se naopak považuje za daňový doklad při vývozu zboží, definuje § 33a ZDPH.